Подготовка специалистов с высшим образованием сельскохозяйственного профиля в Крыму началась на аграрном факультете Таврического университета, созданного в 1918 году и преобразованного с 1 мая (1922 года в Крымский самостоятельный высший институт сельскохозяйственных областей); а с 1923 ‑ в Крымский институт специальных культур.
Основным направлением и специализацией подготовки специалистов и развития научных исследований были отрасли сельского хозяйства специфические для Крымского и Кавказского побережья Черного моря: плодоводство, виноградарство, табаководство, культурные растения субтропической сферы, ландшафтное садоводство, культуры вкусовых и лекарственных растений, овощеводство, цветоводство, селекция сельхозкультур, виноделие, переработка плодовых и овощных культур.
В этот период деятельности вуза в подготовке специалистов аграрников большую роль сыграли возглавлявшие кафедры всемирно-известные ученые: профессор, вице-президент АН СССР, Герой Социалистического труда А.А.Байков ‑ неорганическая химия; профессор Ю.Ф.Коршун ‑ органическая, физическая и физколоидная химия; профессор, член-корреспондент АН СССР Я.И.Френкель ‑ кафедра физики; академик, Герой Социалистического труда В.А.Обручев ‑ геология; профессор, академик И.И.Кузнецов ‑ ботаника; профессор, президент АН Украинской ССР В.И.Палладин ‑ физиология растений; профессор, известный ботаник Е.В.Вульф ‑ систематика растений; профессор, академик П.П.Сушкин ‑ зоология; профессор Д.Ф.Синицин — анатомия и физиология животных; профессор С.А.Мокржецкий ‑ энтомология и фитопатология; профессор, академик Т.В.Высоцкий, позже профессор Н.Н.Клепинин ‑ почвоведение; профессор П.К.Слезкин ‑ общее земледелие; профессор А.В.Вознесенский ‑ метеорология; профессор, академик И.В.Якушкин читал курс об удобрениях; профессор Н.П.Соколов ‑ механизация сельского хозяйства; профессор М.П.Архангельский ‑ частное земледелие; профессор, академик И.Н.Калугин ‑ животноводство; профессор, известный лесовод Г.В.Морозов ‑ лесоводство; профессор, ректор института С.В.Краинский ‑ общее садоводство; профессор П.Г.Шитт ‑ плодоводство; профессор В. К.Воблый ‑ сельскохозяйственная статистика; профессор М.В. Щербаков ‑ виноделие; профессор С.В. Церевитинков ‑ консервное производство.
Для укрепления учебной базы и ведения научных исследований в состав института были включены Крымская (Салгирская) опытная станция, Ливадийские оранжереи, два лесных массива. Для научной и учебной работы предписывалось использовать Крымский (Никитский) ботанический сад, виноградное хозяйство «Магарач», учебно-показательные хозяйства «Киян», «Бодрак», пять дач и два дворца.
Несмотря на известные трудности периода формирования и реорганизации ученые вуза оказали существенное влияние на развитие отрасли в регионе. Академиком И.В.Якущкиным были развернуты работы по выведению новых сортов зерновых культур. Под его руководством выпускником вуза профессором П.И.Богданом получены ценные всемирно известные сорта крымской озимой пшеницы. Профессором Н.П.Клепининым выполнены работы по исследованию почвы и составлена почвенная карта Крыма. Большие исследования проведены доцентом П.И. Дубровским по агрохимической характеристике почв и водных источников Крыма. К этому периоду относятся работы профессора А.В.Вознесенского по изучению климата Крыма, профессора Е.В.Вульфа по флоре Крыма. Профессором К.Э.Линдеманом проведены исследования по изучению вредителей табака, профессором С.А.Стрельниковым ‑ по болезням плодовых насаждений. Значительные исследования по биологическим закономерностям развития плодовых деревьев проведены профессором П.Т.Шиттом, по биологии плодовых и субтропических растений проведены профессором Р.В.Краинским. Профессор Ф.В. Церевитинов на основе материалов своих исследований опубликовал капитальный труд «Химия и товароведение свежих плодов и овощей», доцентом А.Н. Углицким проведены исследования по дикорастущим древесным и кустарниковым породам для более эффективного их использования. В 1924 году институт специальных культур вливается в Кубанский сельскохозяйственный, а в 1931 году был снова воссоздан с задачей подготовки специалистов по садоводству-огородничеству, виноградарству, виноделию, табаководству, лекарственным культурам, с 1933 года началась подготовка специалистов полевых культур и с 1936г. он стал именоваться Крымским сельскохозяйственным институтом. С большими трудностями формировалась материальная база и преподавательские кадры. Так, для 16 кафедр выделено 7 аудиторий из 18 необходимых. В 1932 году институт переведен в здание бывшего педагогического института, а в дальнейшем ‑ в помещение бывшего Таврического университета, с 1935 года хозяйство «Салгирка» было полностью передано вузу. В 1937 году после ликвидации высшей коммунистической школы институту передается учебное хозяйство «Возрождение». В 1938 году в вузе открылось заочное отделение, сдано студенческое общежитие и столовая.
Усилиями руководителей (директоров А.У.Умерова, Н.У.Габилева, А.А.Акимова, И.М.Черепа, В.А.Кудрявцева) укреплялась база, стоимость оборудования института до 1941 года выросла в 10 раз. Наряду с профессорским составом вуза двадцатых годов (Н.П.Клепинин, С.Л.Стрелин, М.Ф.Щербаков, П.Т.Болгарев) в вуз пришли В.А.Колесников (плодоводство), П.М.Христюк (ботаника), П.И.Богдан (растениеводство), И.П.Сарахов (общее земледелие), С.К.Чаянов (почвоведение), А.И.Павлов (механизация сельского хозяйства), В.А.Колесников (плодоводство), лауреат Государственной премии Л.М.Ро (селекция плодовых), Н.И. Дубровский (агрохимия).
В предвоенный период институт успешно развивался, но с приближением боевых действий к Крыму был эвакуирован в г. Кировобад. Более 600 сотрудников и студентов стали участниками Отечественной войны.
С июля 1944 года деятельность продолжалась на прежней базе в г.Симферополе. Потребовались большие усилия коллектива, чтобы восстановить разрушенные и сожженные аудитории, общежития и учебно-опытные хозяйства, укомплектовать преподавательские кадры. Уже через два года функционировала 21 кафедра, на которой преподавали 7 профессоров, 15 доцентов и кандидатов наук, 25 ассистентов, обучалось 570 студентов, действовала аспирантура по виноградарству, плодоводству и растениеводству. В 1950 году был организован факультет механизации сельского хозяйства, который просуществовал пять лет. Ученые вуза вели научные исследования по широкому спектру проблем Крыма и оказанию практической помощи сельскохозяйственному производству юга Украины.
Большой вклад в восстановление материальной базы, дальнейшее становление вуза внесли: с 1944 по 1949 г.г. директор института доцент И.Ф.Вавилов, с 1949 по 1951 г.г. доцент М.А.Трохан, с 1951 по 1952 г.г. Н.И.Солодовник. Особое значение в дальнейшем развитии вуза имел его перевод в 1965 году на земли учебно-опытного хозяйства «Коммунар». С 1966 года здесь начал функционировать учебный город ‑ поселок городского типа «Научное». Большую роль в этом сыграли ректоры института, руководившие: с 1953 по 1971 г.г. доцент Я.И.Рязанов, с 1971 по 1980 г.г. ‑ доцент А.М.Лукьянченко, с 1980 по 1984 г.г. ‑ доцент В.Ф.Пономарев. Особенно активно развивался вуз в последнее двадцатилетие, когда по комплексу показателей постоянно находился в десятке лучших аграрных учебных заведений СССР ‑ в период руководства профессора, академика, заслуженного работника образования Украины, заслуженного работника АПК АРК М.М.Мельникова.
В 1965 году открылся экономический факультет, в 1976 году вновь воссоздан факультет механизации сельского хозяйства, в 1986 ‑ факультет ветеринарной медицины. С 1966 года функционирует факультет переподготовки и повышения квалификации руководящих кадров, специалистов системы АПК, руководителей и специалистов государственных предприятий, учреждений и организаций, обучение по вопросам охраны труда должностных лиц и специалистов предприятий агропромышленного комплекса. Создано подготовительное отделение (в т.ч. для иностранных граждан). В 1998 году начали подготовку специалистов по менеджменту организаций, экономике предприятий, учету и аудиту, землеустройству и кадастру, технологии бродильных производств и виноделию, а с 2000 года ‑ по технологии жиров и жирозаменителей, технологии хранения, консервированию и переработке молока и садово-парковому лесному и охотничьему хозяйству.
В 1997 году институт преобразован в Крымский государственный аграрный университет, а в 2003 году ‑ в агротехнологический университет. В состав университета в 1997 г. вошли Прибрежненский совхоз-техникум и Крымский техникум гидромелиорации и механизации сельского хозяйства, а в 2002 году Крымский агротехнический колледж и его филиал ‑ Бахчисарайский строительный техникум.
В 2003 году решением Минагрополитики Украины и УААН в составе университета организован научно-исследовательский институт семеноводства.
В 2004 году университет объединил свои усилия по более эффективному использованию своего потенциала в подготовке специалистов сельского и лесного хозяйства, ветеринарной медицины с Национальным аграрным университетом как его филиал на юге Украины.
На территории вузовского городка построено два учебно-лабораторных корпуса, павильон механизации, Дворец студентов, семь общежитий, столовая, котельная, детский сад, автогараж, прачечная, средняя школа, двенадцать жилых многоэтажных домов, стройцех, мехмастерские и все необходимые службы быта. Общая площадь зданий и сооружений составила 113472 кв.м., общежития занимают 24134 кв.м. на 2200 мест. Кафедры и лаборатории оснащены необходимым оборудованием.
На базе университета организован учебно-научно-производственный комплекс, куда вошли 24 научных учреждения, учебных заведений аграрного профиля, в составе которого работают 79 докторов, профессоров и более 500 кандидатов, доцентов, привлекаемых к учебному процессу. Составной частью деятельности вуза является научно-исследовательская работа, которая направлена на фундаментальные, поисковые и прикладные исследования по перспективным направлениям сельскохозяйственной науки. Научная работа проводится в соответствии с тематикой важнейших направлений, определенных государственными научно-техническими программами: «Фундаментальные исследования», «Продовольствие», «Зерно», «Корма», «Белок» «Ветеринарное обеспечение», «Защита растений».
За годы деятельности вузом подготовлено около 50 тысяч специалистов для сельского и лесного хозяйства и ветеринарной медицины. Более 500 из них ‑ иностранные граждане из 48 зарубежных стран. За этот период подготовлены сотни докторов и кандидатов наук. Многие питомцы вуза стали известными учеными, крупными специалистами и общественными деятелями. Среди них заслуженные деятели науки, техники и образования СССР, Украины и Автономной Республики Крым: профессора ПГ.Болгарев, П.И.Богдан, академик ВАСХНИЛ В.Л.Мазлумов, члены-корреспонденты ВАСХНИЛ В.Л.Колесников, М.М.Долгилевич. Академики УААН С.Ю.Дженеев, Ф.Ф.Адамень и др. За выдающиеся заслуги в трудовых успехах в сфере сельского хозяйства восемь выпускников вуза стали Героями Социалистического Труда.
В связи с преобразованием по решению Кабинета Министров Украины Национального аграрного университета наш вуз, ставший Южным филиалом Национального университета биоресурсов и природопользования Украины «Крымский агротехнологический университет», стал вузом исследовательским.
Университет ‑ это учебно-научный комплекс, в котором работают более тысячи сотрудников. Учебный процесс и научные исследования обеспечивают 306 научных и научно-педагогических работников, из них 46 докторов наук, профессоров, 179 кандидатов наук, доцентов, 27 заслуженных деятелей науки и техники, заслуженных работников образования, 18 академиков и членов-корреспондентов различных академий наук. Функционирует магистратура по 9, аспирантура по 24 и докторантура по 3 специальностям. В университете приобретают знания около 5,5 тысяч студентов, из них 3,3 на дневной и 2,2 тысячи на заочной форме обучения. В вузе сформировалось 15 научных школ, в которых подготовлено сотни докторов и кандидатов наук.
Перед сегодняшним вузом, как учреждением исследовательского типа стоят задачи: обеспечение интеграции учебной, научно-исследовательской и научно-инновационной деятельности как способа повышения уровня подготовки специалистов и ускорения внедрения достижений научно-технического процесса в агропромышленную и природоохранную отрасли путем участия в разработке государственных фундаментальных и прикладных программ и сотрудничество с субъектами хозяйствования.